Le cancer de l’anus est en augmentation (1 à 3 pour 100 000) et représente le troisième cancer chez les femmes VIH ; il partage des similitudes biologiques avec le cancer du col utérin, notamment une infection à HPV à haut risque (HPVHR) dans 95% des cas et des lésions précancéreuses (lésion malpighienne intraépithéliale de haut grade ou HSIL) que l’on peut diagnostiquer avant le stade invasif.  L'âge médian du diagnostic du cancer de l'anus est supérieur de dix ans à celui du cancer du col (âge médian de 61 ans contre 51 ans) et la prévalence du cancer de l’anus est 2 à 4 fois moindre que celui du col malgré l’absence de dépistage. L’infection VIH, l’immunosuppression, les rapports anaux, les partenaires multiples, les IST et le tabac sont les principaux facteurs de risque d’un cancer de l’anus. Par ailleurs, l’infection HPVHR du col constitue un facteur de risque significatif d’avoir une infection HPVHR de l’anus. La prévalence d’un test HPV HR de l’anus positif chez les femmes atteintes d'une pathologie HPV ano-génitale peut aller jusqu’à 40% ; par contre cette infection HPV anale régresse souvent dans les 6 mois. L’incidence des HSIL (AIN 2-3) est comprise entre 10 et 15% chez les femmes VIH.  La prévalence des HSIL (AIN 2-3) associées à un HSIL du col est de 26 % chez les femmes VIH, 9 % chez les femmes immunodéprimées séronégatives et 4 % des femmes immunocompétentes.

Le frottis anal (à partir d'un écouvillon inséré dans le canal anal) permet de recueillir les cellules dans un conservateur en milieu liquide et faire un examen cytologique de dépistage des lésions précancéreuses de l’anus. Les femmes dont la cytologie anale est anormale (ASC-US+) sont soumises à une évaluation colposcopique de l'anus, appelée anuscopie à haute résolution (AHR), où le canal anal est examiné après l'application d'une solution d'acide acétique à 5% et/ou de lugol permettant d’identifier et de cibler des anomalies à biopsier pour confirmer le diagnostic.

En prenant en compte la littérature, s’il n’est pas lieu de proposer un dépistage par frottis anal systématique, celui-ci pourrait être proposé aux femmes les plus à risque, en particulier en cas de récidive d’une lésion intraépithéliale cervicale de haut grade déjà traitée, mais aussi en cas de lésions génitales multifocales et/ou récidivantes. On pourrait également proposer de réaliser un dépistage par frottis anal chez les femmes VIH et immunodéprimées. Pour les femmes ayant une lésion précancéreuse du col, du vagin ou de la vulve, la conduite à tenir reste à définir au cas par cas en attendant des recommandations nationales.